Comme tout établissement recevant du public, et plus particulièrement en tant qu’établissement scolaire, François d’Assise - Nicolas Barré a une mission de protection des élèves qui lui sont confiés et d’éducation à la sécurité.

Ainsi, deux à trois fois par an, des simulations d’alerte d’incendie sont organisées. Celle du premier trimestre est préparée avec les professeurs de sciences de la vie et de la terre à l’aide d’un support rappelant les principales consignes.

Par ailleurs, depuis plusieurs années des plans de sécurité face aux risques majeurs (plan "confinement" et plan "séisme") ont été mis en œuvre, à l’initiative de la Direction de l’Education Nationale de la Jeunesse et des Sports. Tout le personnel a également suivi une formation assurée par les pompiers de Monaco.

Régulièrement, l'établissement organise des exercices permettant de répéter les actions à mener en cas de confinement ou de séisme.  

La sécurité routière fait également partie de nos préoccupations. Les élèves de cinquième préparent l’ « Attestation de sécurité routière » de 1er niveau avec l’aide de la sûreté publique de Monaco. En classe de troisième ils passent le 2ème niveau leur permettant de conduire un cyclomoteur.

Enfin, selon les niveaux de classe, les professeurs de biologie, avec l’aide du personnel de santé de l’établissement et de médecins, sensibilisent les élèves aux problèmes de santé liés au tabac, à l’alcool, aux drogues et aux MST.